L'informatique de l'administration fédérale fait l'objet de deux types de contrôles de gestion: le contrôle de gestion stratégique et le contrôle de gestion opérationnel.
Contrôle de gestion stratégique de l'informatique au niveau de la Confédération
Le contrôle de gestion stratégique informatique a une fonction de pilotage. Il se concentre notamment sur la mise en œuvre de la Stratégie Administration fédérale numérique. Le secteur TNI est chargée d'établir un rapport périodique sur la mise en oeuvre de la stratégie et, le cas échéant, de proposer des mesures.
Contrôle de gestion opérationnel de l'informatique à tous les niveaux de l'administration fédérale
Dans le cadre du contrôle de gestion opérationnel de l'informatique, la rentabilité, les objectifs et les ressources des solutions en informatique sont étudiés et documentés pendant toute la durée du cycle de vie. Ce contrôle permet de garantir la transparence, d'assurer l'uniformité des critères d'évaluation et de transmettre des informations importantes aux décideurs (comité de projet, gestionnaire de portefeuille). Englobant notamment les projets, les programmes et les applications dans le domaine informatique, le contrôle est effectué par un responsable du contrôle de gestion informatique à l’échelon des départements et des offices. Les « Directives concernant le contrôle de gestion informatique dans l'administration fédérale » garantissent une procédure uniforme.
Portefeuille informatique de la Confédération
Afin que les informations nécessaires au pilotage et à la gestion de l'informatique soient uniformes et complètes, le Conseil fédéral exige dans les « Directives du Conseil fédéral concernant les projets informatiques de l’administration fédérale et le portefeuille informatique de la Confédération » que tous les projets informatiques (à l'exception des petits projets) et toutes les applications (à l'exception des petites applications) soient intégrés dans le portefeuille informatique de la Confédération et concrètement saisis dans le « Cockpit IKT », l’outil de gestion du portefeuille et de contrôle de gestion informatiques à l’échelle de la Confédération.
Évaluations de projets et projets clés de l'administration fédérale
Les « Directives du Conseil fédéral concernant les projets informatiques de l’administration fédérale et le portefeuille informatique de la Confédération » prescrivent par ailleurs qu’une évaluation indépendante doit être effectuée avant la libération des projets informatiques dont les coûts totaux dépassent 5 millions de francs. Les projets ou les programmes informatiques sont conduits en tant que projets clés de l'administration fédérale lorsqu’ils requièrent une conduite, un pilotage, une coordination et un contrôle renforcés en raison des ressources qu’ils mobilisent, de leur importance stratégique, de leur complexité et de leurs répercussions ou de leurs risques.