Lorsque le Parlement oppose un contre-projet direct à une initiative populaire (l’initiative et le contre-projet direct font l’objet de deux arrêtés distincts), on ne le mentionne pas dans le titre de l’arrêté fédéral recommandant l’acceptation ou le rejet de l’initiative, et l’art. 1 de l’arrêté est formulé de la même manière que lorsque l’initiative n’est pas accompagnée d’un contre-projet. L’art. 2 est en revanche formulé comme suit :
